动力与能源工程学院的发展与建设过程经历了四个时期

1、中国人民解放军军事工程学院时期（1952年3月～1966年4月）

2、哈尔滨工程学院时期（1966年4月～1970年8月）

3、哈尔滨船舶工程学院时期（1970年8月～1994年5月）

4、哈尔滨工程大学时期(1994年5月至今)

1953年军事工程学院成立之初，它是海军工程系造船科下设的352动力教授会。1954年舰船动力教授会一分为二：舰船内燃机及其动力装置教授会（专业）和舰船蒸汽轮机动力装置教授会（专业），并于1955年开始招生，学制五年。1966年4月1日，全院军人集体转业。“中国人民解放军军事工程学院”改名为“哈尔滨工程学院”。海军工程系改为舰船工程系，教学建制不变。1969年12月军委决定哈尔滨工程学院分建内迁。哈尔滨船舶工程学院就是在1970年哈尔滨工程学院分建时，以舰船工程系（即哈军工海军工程系）的完整建制为基础组建起来的。1975年学校在舰船工程系动力专业的基础上组建了船舶动力系，序号为三系，从此船舶动力专业作为一个系的建制得以发展和壮大。随着高等教育的发展，1994年4月经国家教委批准，学院更名为“哈尔滨工程大学”，“船舶动力工程系”定名为“动力工程系”。2001年3月，在动力工程系的基础上成立了“动力与核能工程学院”。2005年12月12日，随着核专业从动核学院分建为核科学与技术学院，因此学院更名为“动力与能源工程学院”。